A lutheri tanok nagyon hamar utat találtak a soproni polgársághoz, aminek oka főleg a város kétnyelvűsége, azaz a német nyelv használata volt. Az 1520-as évek elején egy Kristóf nevű ferences szerzetes már lutheri szellemben prédikált a városban, és az 1524-es „inkvizíciós per” fő vádlottjai is a lutheri iratok voltak, a Fő téren égették el őket.
A XVI. század közepére a város polgárságának túlnyomó része evangélikussá lett. Ebből a közösségből Gerengel Simon formált gyülekezetet 1565-ben, elsőként az országban. Eredetileg – mivel felesége soproni származású volt – rokonlátogatóba érkezett a városba, de felkérésre a Szent Mihály templomban prédikált, és ennek akkora hatása volt a soproniakra, hogy rögtön meghívták lelkészüknek. Gerengel Simon 1571-ig szolgált Sopronban. Az ő nevéhez fűződik egy Káté, illetve a hozzákapcsolódó imádságos-, és énekeskönyv kiadása.
A XVII. század elején a város nyolcezer főnyi lakosságának jó része, több, mint hétezer fő evangélikus volt. Lackner Kristóf polgármester vezette a várost, aki igazi reneszánsz emberként sokoldalúságáról volt híres. 1604-ben ő alapította a Soproni Nemes Tudósok Társaságát, aminek a célja a közösségben való művelődés lehetőségének megteremtése, illetve a külföldi ösztöndíjasok segítése volt. Az ő segítségével alakult meg 1606-ban az evangélikus latin iskola. Állandó imaterem céljára a gyülekezet 1674-ben Schubert János házát vette bérbe, ekkor épült a gyülekezet fatemploma is.
Lang Mátyás lelkész jelentősen bővítette a gyülekezet könyvtárát, majd halálakor a gyülekezet saját, szintén jelentős könyvtárát is megvásárolta.
Fontos megemlíteni a gyülekezet lelkészei közül Barth János Konrádot (1634-1692), aki Buda visszafoglalásáról írt könyvet, illetve Szowits Kristófot, aki az első fatemplom 1676-os leégése után közadakozásból épített második fatemplomot felszentelte. Az új templom orgonájának megépítésével Jacob Harrer bécsi orgonaépítő mestert bízták meg.
Torkos József lelkész avatta föl a gyülekezet 1784-ben felépült mai templomát. 35 évig volt a gyülekezet lelkésze, lelkészi munkája mellett széles tudományos műveltsége volt: az 1736-ban kiadott Újtestamentum-fordításhoz ő írt irodalomtörténeti jelentőségű előszót, emellett a természettudományok is érdekelték, a Líceumban fizikaszertárt állított föl.
1790-ben Kis János későbbi püspök, líceumi öregdiák megalakította az első Magyar Tudós Társaságot. Ifjúkori működésével elindította az önképzőköri hagyományokat a Líceumban. Levelezésben állt a XIX. század eleje irodalmának központjával, Kazinczy Ferenccel, ő volt az, aki Kazinczy figyelmébe ajánlotta, és ezzel gyakorlatilag bevezette a „hivatalos” irodalmi életbe Berzsenyi Dánielt.
A XIX. század közepének lelkészei közül ki kell emelni Kolbenmeyer Mórt, aki tüzes hangú, a szabadságarcot éltető, „Das freie Wort” című szónoklata miatt fogságot is szenvedett. Ő fordította először Arany János és Petőfi Sándor verseit német nyelvre.
A XIX. század végére a gyülekezeten belül, illetve amellett sok különböző egyesület működött: árvaházat, gyámintézetet, testvéregyesületet, leányegyesületet, olvasó- és ifjúsági egyesületet tartott fenn az egyház. Mellettük a különböző gyülekezeti bizottságok is nagyban segítették döntéselőkészítő munkájukkal az egyházközség vezetőségét és presbitériumát. Ezek egészen a XX. század közepéig, az államosításig igen aktívan működtek.
A XX. század jelentős történelmi eseményei rajta hagyták jelüket a gyülekezeten is. Az I. világháborút követő trianoni békediktátummal szembeszállva a soproniak kiharcolták, hogy saját maguk dönthessenek hovatartozásukról. A város 1921. december 14-én szavazott a Magyarországhoz való tartozásról. Emiatt nyerte el a város a Civitas Fidelissima (Leghűségesebb Város) címet. A népszavazás végeredményét az evangélikus templom harangja hirdette ki a városban: Sopron Magyarország része maradt.
Hatalmas törést szenvedett a gyülekezet a második világháború alatt. Először is az 1944. december 6-i bombázás során több épülete, így a templom is súlyosan megsérült, az Evangélikus Tanítóképző épülete pedig teljesen megsemmisült.
Az 1946-os kitelepítésben érte a gyülekezetet a legnagyobb veszteség: alapvetően németnyelvű gyülekezet lévén a gyülekezet nagy részét, mintegy kétharmadát kitelepítették. 1946 áprilisában az előrehozott konfirmációi ünnepségről már tudták a résztvevők, hogy legtöbbjüknek ez egyben a soproni templomtól való búcsút is jelenti majd. Pár héten belül a gyülekezet egy csapásra harmadára zsugorodott, a valaha körülbelül 13 ezer fős gyülekezet ma 3500 főt számlál.
Hasonló csapás érte a gyülekezetet anyagi téren is: rengeteg nagy értékű ingatlanját a gyülekezet tulajdonában lévő földekkel együtt államosították, így a valaha módos gyülekezet elveszítette mind a gazdasági egyensúlyához szükséges infrastruktúráját, mind gyülekezet-fenntartó tagságát. A gyülekezet megmaradt ingatlanjainak egy részét nem tudta fenntartani, ezért azt a város kezébe adta.
Az 1980-as évek közepén a gyülekezet temploma is életveszélyessé vált. Kiderült, hogy a háború után a megsérült templomot csak felületesen állították helyre, a tetőt tartó, párkány elmozdult, a templom tetejét az összeomlás fenyegette. Hosszú, kilencéves munka következett, aminek anyagi hátterét a magyarországi gyülekezetek és a külföldi (német és finn) testvérgyülekezetek segítségével sikerült előteremteni. Végül 1994-ban tudták újraszentelni a templomot.
A rendszerváltozás nagy változásokat hozott a gyülekezet életében is. 1992-ben újra egyházi fenntartású lett a Berzsenyi Dániel Gimnázium, 1996-ban pedig az Martos Flóra Egészségügyi Szakközépiskola Eötvös József Evangélikus Egészségügyi Szakközépiskola és Gimnázium néven. A két középiskola országos egyházi fenntartású intézményként működik, de szoros a kapcsolatuk a gyülekezettel is: áhítatokat, ünnepségeket tartanak a templomban, és itt vannak a tanévkezdő és –záró istentiszteletek.
1996-ban a gyülekezet átvette a Hunyadi utcai általános iskolát, amely napjainkban Sopron legkeresettebb általános iskolája. A Hunyadi János Evangélikus Általános Iskola 2006 szeptemberében egy óvodával bővült, mivel a gyülekezet egy Halász utcai ingatlan kárpótlási pénzéből megvette az önkormányzattól a Borsmonostori utcai tagóvodát, az óvodát pedig integrálta az iskolába. Ez azt jelenti, hogy ma Sopronban 3 éves kortól 18 éves korig evangélikus oktatási intézményben tanulhatnak a diákok.
A gyülekezet 2002-ben elkezdte az Evangélikus Nyugdíjasház építését az Eötvös József Gimnázium udvarán. Az építkezés anyagi alapját részben a Széchenyi-terv, részben a valaha a gyülekezet tulajdonában lévő, majd államosított Fabricius-ház kárpótlásából kapott összeg biztosította. Az épületet 2004. április 30-án szentelte föl Ittzés János püspök, a legfelső szint átadására 2006. szeptember 6-án kerülhetett sor. Ezzel úgy tűnik, teljessé vált a gyülekezet intézményrendszere.
A gyülekezetben két magyar nyelvű lelkész szolgál, mellettük pedig egy német lelkész látja el a német nyelvű szolgálatokat. Vasárnaponként reggel 8 és 10 órakor magyar, 9 órakor német istentiszteletet tartunk, emellett iskolaidőben 9 órakor gyermek-istentisztelet is van a gyülekezeti teremben.